需要注意的是，具体的疫情处理流程可能会根据当地疫情情况、政府部门的要求以及学校的实际情况有所差异，以上仅为一般的处理流程。
2021年杭州富阳区秋季开学后的应急疫情处理流程大致如下：
1. 出现疫情线索：校园内出现学生或教职工感染新冠病毒的疑似病例、确诊病例，或者接触疑似病例、确诊病例的人员等情况被发现。
2. 快速响应：学校迅速启动应急预案，立即通知相关部门，包括当地疾控中心、卫生健康委员会和教育局等。
3. 疫情调查与隔离：学校配合疾控中心进行疫情调查，对疑似病例进行监测、核酸检测，并立即进行隔离或转送至定点医疗机构，确保病情不扩散。
4. 快速通报：学校及时向家长、师生和社会公布疫情信息，提醒他们加强个人防护和健康观察，并配合相关部门的流行病学调查工作。
5. 关闭校园：如确诊病例数量较多或疫情蔓延较严重，学校可能暂时关闭校园，采取线上教学措施，防止疫情扩散。
6. 深度清洁和消毒：学校对有关部位进行深度清洁和消毒，确保环境卫生。
7. 校园管理：学校加强管理，要求所有师生员工必须佩戴口罩、测量体温，严格控制外来人员进入校园，增加校园巡查频次，确保校园安全。
8. 教育教学调整：根据疫情情况，学校可能会采取教育教学调整措施，如改为线上教学、调整学期安排等。
需要注意的是，具体的疫情处理流程可能会根据当地疫情情况、政府部门的要求以及学校的实际情况有所差异，以上仅为一般的处理流程。